Flavius Josèphe écrivit également "La guerre des Juifs" probablement entre 75 et 79. Le texte fut écrit dans une première version en araméen comme cela est précisé par Flavius lui-même dans les éditions grecques. Une version slavonne existe, qui laisse apparaitre 22 ajouts (mais aussi de nombreuses suppressions), passages absents donc des éditions grecques. Parmi ces ajouts figurent une notice assez longue sur Jésus :
" Alors parut un homme, s'il est permis de l'appeler homme. Sa nature et son extérieur étaient d'un homme, mais son apparence plus qu'humaine, et ses oeuvres divines : il accomplissait des miracles étonnants et puissants. Aussi ne puis-je l'appeler homme. D'autre part, en considérant la commune nature, je ne l'appellerai pas non plus ange." (G 2:174)
Là encore, pour les même raisons que le "testimonium Flavianum" des Antiquités juives, cette formulation est hérétique. Aucun chrétien fidèle à l'Eglise apostolique n'a jamais douté que Jésus ne fût authentiquement homme.
On note également que le nom de Jésus ne figure pas explicitement dans cette notice, ce qui permet de démontrer la désinvolture du faussaire, qui, tout à la peine d'inserer une bonne dizaine de lignes somme toute insignifiantes (on y apprend rien de plus que ce que nous disent les évangiles), omet le nom du personnage principal. Faut-il perdre la tête. On note également l'absence d'éléments proprement christologique.
Ci-dessous la notice complète :
" Alors parut un homme, s'il est permis de l'appeler homme. Sa nature et son extérieur étaient d'un homme, mais son apparence plus qu'humaine, et ses oeuvres divines : il accomplissait des miracles étonnants et puissants. Aussi ne puis-je l'appeler homme. D'autre part, en considérant la commune nature, je ne l'appellerai pas non plus ange."
Et tout ce qu'il faisait, par une certaine force invisible, il le faisait par la parole et le commandement. Les uns disaient de lui : "C'est notre premier législateur qui est ressuscité des morts et qui fait paraître beaucoup de guérisons et de preuves de son savoir." D'autres le croyaient envoyé de Dieu. Mais il s'opposait en bien des choses à la Loi et n'observait pas le sabbat selon la coutume des ancêtres ; cependant, il ne faisait rien d'impur ni aucun ouvrage manuel, mais disposait tout seulement par la parole. Et beaucoup d'entre la foule suivaient à sa suite et écoutaient ses enseignements. Et beaucoup d'âmes s'agitaient, pensant que c'était par lui que les tribus d'Israël se libéreraient des bras des Romains.
Il avait coutume de se tenir de préférence devant la cité, sur le mont des Oliviers. C'était là qu'il dispensait les guérisons au peuple. Et auprès de lui se rassemblèrent cent cinquante serviteurs, et d'entre le peuple un grand nombre. Observant sa puissance, et voyant qu'il accomplissait tout ce qu'il voulait par la parole, ils lui demandaient d'entrer dans la ville, de massacrer les troupes romaines et Pilate, et de régner sur eux. Mais il n'en eut cure. Plus tard, les chefs des Juifs en eurent connaissance, ils se réunirent avec le grand prêtre et dirent : "Nous sommes impuissants et faibles pour résister aux Romains, comme un arc détendu. Allons annoncer à Pilate ce que nous avons entendu, et nous n'aurons pas d'ennuis : si jamais il l'apprend par d'autres, nous serons privés de nos biens, nous serons taillés en pièces nous-mêmes et nos enfants dispersés en exil." Ils allèrent le dire à Pilate. Celui-ci envoya des hommes, en tua beaucoup parmi le peuple et ramena ce thaumaturge. Il enquêta sur lui, et il connut qu'il faisait le bien et non le mal, qu'il n'était ni un révolté, ni un aspirant à la royauté et le relâcha, car il avait guéri sa femme qui se mourait. Et, venu au lieu accoutumé, il faisait les oeuvres accoutumées. Et de nouveau, comme un plus grand nombre de gens se rassemblaient autour de lui, il était renommé pour ses oeuvres par-dessus tous. Les docteurs de la Loi furent blessés d'envie, et ils donnèrent 30 talents à Pilate pour qu'il le tuât. Celui-ci les prit et leur donna licence d'exécuter eux-mêmes leur désir. Ils le saisirent et le crucifièrent en dépit de la loi des ancêtres.
Il y avait des piliers et sur eux des épigraphes en caractère grecs, latins et juifs, énonçant la loi de pureté, à savoir qu'aucun étranger ne devait entrer; car c'était ce que l'on appelait le sanctuaire intérieur, où l'on accédait par quatorze marches. l'aire supérieure était de forme carrée. Au-dessus des épigraphes était suspendue une autre dans les mêmes caractères, disant que Jésus roi n'avait pas régné, mais avait été crucifié par les Juifs, parce qu'il prédisait la destruction de la cité et la dévastation du Temple.